מטרת העל של התזכיר הינה לייעל את מערכת ניהול המסחר וכן את הפקודה עצמה, וזאת עקב הזמן הרב שחלף מאז נחקקו הוראות אלה. על כן, מציע התזכיר לבטל סעיפים המוסדרים בחוקים אחרים או שאינם מיושמים, דוגמת סעיף 6, המסדיר את סמכויות הממשלה בקביעת מקומות כניסה, נמלים, תחנות תעופה אזרחיות, נתיבים להובלה יבשתית, רציפים וכו'; סעיפים 11 ו-12, המסדירים את שכר פקידי המכס והסבלים; וכן את סעיף 106, האוסר על יצוא טובין בכלי שיט שקיבולו פחות משישים טונות.
בצד הצעות לעדכון הגדרות והוראות שונות
בפקודת המכס הקיימת, השפעתו העיקרית של השינוי המוצע תהיה בפן הטכני של דיני המכס, אשר יתבטא בהטמעה של מערכת סחר חוץ חדשה שמטרתה להחליף את המערכות התפעוליות הקיימות ולשרת את כלל הגורמים הפועלים בסחר חוץ, החל מיבואנים ויצואנים, דרך נמלי הים והתעופה והמעברים היבשתיים ועד לרשויות הממשלה ועובדי רשות המיסים
.
תפקיד המערכת המוצעת יהיה לנטר ולהסדיר את ניהול ההובלה והמעבר של טובין ומטענים אל תוך ישראל ואל מחוצה לה, וזאת בשימת דגש על אכיפת דינים בתחומי הביטחון, תחבורה, גביית מסי יבוא וכד'. המערכת החדשה מציעה תהליכי עבודה ממוחשבים וניהול מאגר נתונים נגיש ומקיף, ובכך צפויה להקל על הליכי המסחר ולשפר את יכולת האכיפה באמצעות בקרה אפקטיבית יותר על המטענים העוברים בשערי ישראל
.
התזכיר מציע לבטל את ההוראות לעניין הליך הגשת הרשימונים על ידי יבואנים ויצואנים, אשר במסגרתם מוגשת הצהרה על הטובין, ולהגדיר ולהבהיר מסגרת אחידה לתהליכי התרת יצוא ויבוא הטובין, כפי שמוצע ב
סעיף ג': מצהר על מטען וכן ב
סימן ה': הצהרה על יבוא המובאים בתזכיר
. כמו כן, ה"מהפך" האלקטרוני המתואר בתזכיר מציע כי כלל הצהרות המסחר יוגשו למכס באמצעות מסר אלקטרוני, וכך גם כל המסמכים הנדרשים הנלווים להצהרות יבוא, יצוא, שטעון ומצהר
.
בנוסף לכך, מציע התזכיר להחיל את החובה להגשת מצהרים לעניין מטענים המועברים דרך האוויר או דרך היבשה, שכן אלו מוסדרים באופן חלקי בלבד בפקודה הקיימת, בהעדר הסדר ממצה בעניין
.
עוד מציע התזכיר לקבוע סנקציות כספיות שונות על הפרות אפשריות של דיני המכס בידי הגורמים המעורבים במסחר
. כמו כן, מציע התזכיר לעדכן ולהתאים הוראות שונות לעניין הסמכויות הקיימות בחוק מס ערך מוסף בנוגע לגבייה, פיקוח ותפעול, וזאת על מנת לייעל את הפקודה ואת אכיפתה
.